殿内三间以梁枋划为九格，分作九眼藻井，精雕细刻，极尽富丽。九眼藻井形态互异，有八角、六角和菱形，个中明间正中的天官楼阁式藻井最为繁复精美。
该处藻井依托梁枋层层出跳斗棋形成第一层方井，于方井上置平座，设栏杆和立柱，在四面正中开门建天宫楼阁并用廊相连，廊内壁板上还绘制佛像。天宫楼阁屋檐伸展，翼角起翘明显，角梁下还雕有力士像，十分生动。檐下采取单杪双下昂六铺作，三跳出跳形式互异，极尽匠心。栱眼壁以及额柱上还隐刻花纹，阑额下设垂花柱，每朵莲花花瓣雕刻风雅，富有层次。天官楼阁之上为第二层藻井，采取方井抹角成八角形的平面形式，再由斗栱层层出跳，到达八角背板。八角背板上贴有两条维妙维肖的金龙，气势飞动，张牙舞爪。这眼天宫楼阁藻井构图折衷，配色富丽，尤其是四座天宫楼阁全部贴金，周边斗棋的小斗也做贴金处理，相得益彰，熠熠生辉，而且小木作建筑的戗脊、梁架、立柱、斗棋无一不是按当时的大木建筑比例尺度缩减所作，乃至小到鸱吻、角梁套兽这类装饰都精雕细刻，细节之精细令人惊叹。
别的八眼藻井与中央藻井构造相似，虽没有天宫楼阁，但藻井四周皆有祥龙环绕，彩凤飞舞，光荣华美，布局精美，彰显皇家寺庙的派头。
藻井是中国古建筑最美的天宇，它的设计和装饰表示了古代建筑美学思想和象征意义，个中“藻〞含义华美，而”井”象征水源，寓意水能克火，预防失火。这种装饰性构造紧张涌如今宫殿、寺庙和佛坛等尊贵的建筑物中，显示了其在古代建筑中的爱崇地位和美学代价。
应县净士寺大雄宝殿的藻井为九眼布局，全为木质雕刻。九数象天、龙纹飞扬，布局严谨、雍容华贵，彰显了至尊派头，证明了净土寺的皇家背景。
净土寺天宫藻井，繁而不乱，造型幽美，布局严谨，金碧辉煌，实为文物中少见的珍品。既可看作精制的建筑模型，又是出色的艺术作品，对研究金代建筑和雕刻艺术有很主要的参考代价。它与大同下华严寺薄伽教藏殿的辽代天官楼阁、晋城二仙庙的宋代天官楼阁一起，构成山西乃至我国模拟木构建筑形式而雕刻的最为精美的小木作实物珍品。
净土寺由于净土宗得名，是专修往生西方阿弥陀佛净土的法门。大雄宝殿居中为释迦牟尼佛，娑婆天下的教主，为众生开启佛国圣境，解脱得乐的法门，两旁还直立摩诃迦叶和阿难陀两大弟子；左侧是东方净琉璃天下的药师佛，手托宝塔，医治众生的贪嗔痴心疾，还能消灾延寿保康健；
右侧是阿弥陀佛，结跏趺坐于莲花宝座上，脸庞慈悲，接引众生往生西方极乐世界，离苦得乐。
殿宇的两厢是十八罗汉，身着彩色僧衣，手结不同法印，端坐两旁，彷佛在听佛陀讲法，神色专注，脸庞安静，金身罗汉，法力无边，常在人间，护持正法。
释迦佛背后墙上有净瓶不雅观音画像，造像奇特，具有极高的艺术代价。
其他清代壁画，内容有庄严胜的如来，善目低垂的菩萨，横目圆睁的金刚，画风朴实，技法闇练，笔法劲秀流畅，把佛国圣境描绘得淋漓尽致，维妙维肖。
后墙中间是巨幅水墨画，讲的是《达摩宝传》里的故事，达摩与十殿阎君形象刻画得惟妙惟肖，具有一定的艺术代价。
