在工程结算审计过程中，中介机构审计职员不可避免地要和工程承包方发生打仗。个别工程承包单位为了自己的私利，每每会在审计之外下功夫，通过私下给审计职员各种经济利益等不正当行为，实现对审计原则的“购买”，致使个别审计事情职员违反审计职业道德，借用自己手中的权力为承包单位谋取不正当利益。
2、审计职员专业能力不敷的风险
工程结算审计的内容既涉及到工程施工技能方面的内容，又涉及到工程造价及财务决算等方面的内容，所涵盖范围十分广泛。审计职员不仅要具备一样平常的审计知识和履历，熟习工程造价方面的业务，还要对建筑物构造、建筑材料性能、施工技能方案等都有一定的理解，要熟习基本培植项目的全体运作流程。以上某一方面知识和能力有欠缺，都会对审计质量造成影响。在实际事情中，常常会涌现由于审计职员专业能力不敷的缘故原由，造成审计专业判断利用失落当，致使该当创造的问题没有被创造，从而对末了的审计结果造成影响。
3、供应审计资料不敷的风险
恰当的审计结论应以充分的审计证据为根本，各种信息和资料是审计证据的直接表现形式。基建工程结算审计须要网络的信息和资料非常广泛和繁芜，这些信息和资料包括工程招投标文件、设计图纸、工程变更、暗藏工程验收记录、材料价格签证单、施工组织设计、各种干系会议记录、监理及施工日志、主管部门发布的政策文件、市场价格信息等等。而在实际事情中 ，干系利益方每每会选择性供应对自己有利的资料，不供应对自己不利的资料。如果这些信息资料不真实或不完全，以此为根本做出的审计结论也会是不恰当的，由此一定带来审计风险。
4、存在串通舞弊行为的风险
基建项目从立项到施工到竣工利用全体过程涉及到很多的利益主体，个中的一方或多方都可能在某个过程或程序中得到不当利益，导致舞弊行为。舞弊行为根据不同的行为主体可以分为三种：一是，内部舞弊，即内部机构职员利用事情职务便利或所获悉的信息获取不正当利益，如在材料采购、条约订立中收回扣、佣金等商业贿赂行为；二是，外部舞弊，即与基建项目有关的外部机构职员利用事情职务的便利或所获悉的信息造孽获利，比如代理招标机构或受托委托体例招标文书机构职员向参与投标单位透露其已获悉的工程标的等主要信息；三是，内外勾结，表现为内外部机构职员相互串通，如共同编造虚假信息、签订虚假合同等。基建项目中的舞弊手段可能多种多样，但常日在形式上却较难以创造漏洞，有“规范”的程序、“规范”的操作、“规范”的条约，但在这些“规范”的外在表现形式下实在隐蔽着违法舞弊的事实。戳穿舞弊行为，是基建内部审计中的难点，也带来了高审计风险。
