在回族文化中，清真寺占了主要的位置。清真寺一贯是回族公民的崇奉，清真寺在回族公民心中的地位是不可撼动的。是穆斯林举行星期、举行宗教作业、举办宗教教诲和宣教等活动的中央场所。也是穆斯林举行婚嫁仪式和宰牲以及处理民事轇轕的场所，其余婴儿初生时命名和亡人的殡礼也要到寺内请阿訇主持举行。阿訇是回族穆斯林对主持清真寺宗教事务职员的称呼。意为"西席"、"学者"。阿訇的职责是"替圣传道"，领导穆斯林从事宗教活动。
原五棵树镇清真寺位于镇南街，始建于咸丰五年（1855），光绪三十年（1905），建成四合院，该建筑斗拱飞檐，雕梁画栋，砖刻木镂，极其壮不雅观。文化大革命初期1966年被毁。随着民族宗教政策的逐步落实，五棵树镇回民提出了修缮"文革"中遭到毁坏的清真寺。榆树县政府、五棵树镇(乡)政府对此十分重视，1982年6月在有关部门的支持下，拨款13000元，将知识青年集体户住房改建为清真寺，坐落在靠近镇北部回民生产队附近的地方。修了清真寺大殿，又调度了5间砖瓦房作为沐浴室和阿訇用房。添置了一些沐浴设备，新建了寺外围墙，还建了一小间架子房。此外，为办理寺内自养经营来源，还在寺内建了一处酱油房。 随着五棵树清真寺的修复，这里的宗教活动开始走向正常。
2003年榆树市政协会议上五名政协委员联名提出建筑五棵树清真寺提案，同年9月榆树市伊斯兰教协会提出易地重修的呈请，写入2006年榆树市《政府事情报告》，该寺由榆树市建筑设计有限公司设计，培植资金为省长春市宗教局、榆树市政府统筹，本镇部分回族群众进行了集资。
2007年3月23日正式开工兴建，同年竣工，位于五棵树镇滨江大道路边，占地6120平方米，建筑面积960平方米，为阿拉伯风格建筑，一层设为办公室、浴室、讲堂、小星期殿，二层为大殿，门前建生产用房.
寺名为中国伊协会长陈广元题写，建筑大气，寺院青松掩映。清真寺起到了民族凝聚和联络的浸染，鼓吹爱国爱教。
