此处平地拔起，孤峰独秀，具有天然八卦之形。
正门台阶
公元前977年，周昭王南征途经汉江，风高浪急，船只沉没溺水而亡，两侍女延娟、延娱亦随水而逝。其后，孤山上圣迹频显，后世谓之“汉水女神”。
周穆王年间，当地百姓于此立庙敬拜，后来成为历代唯一官祭汉水女神之所，史称“汉庙堆”。
东汉末年，玄门系师张鲁在汉中传教，大量建筑天师堂，遂将此处改建为孤山天师堂，增祀太上老君、三官大帝等玄门殿堂，一贯到清代道光初年皆为玄门圣迹之所。
但道光七年往后被其他宗教霸占。
如今，根据政府文物部门的考证认定，将此处确定为玄门圣地。但是，时序演化，沧海桑田，这里已是房屋凋敝，破败不堪。
2015年初，汉台区委、区政府在专项管理佛玄门乱建寺院事情中，根据陕西省委、省政府和汉中市委、市政府的哀求，依据孤山天师堂深厚的玄门文化秘闻和已经具有的建筑规模，决定将孤山天师堂交由汉台区玄门协会代管。
2016年，汉台区玄门协会正式上报申请将孤山天师堂依法登记开放，经由区、市、省宗教部门逐级审批，于2017年7月正式批准预备设立为玄门活动场所。
在干系部门审批赞许后，汉中市玄门协会不辞劳苦化缘于十方善信，筹集善款在旧址上进行修复，历经六年韶光，才得以规复成为今日所见的庄严道场。
如今的孤山天师堂以太极为心，四象为辅，以八卦方位确定其紧张建筑位置，形成以太极为中央、八卦卦象为整体构型的中国传统院落式建筑群。
孤山天师堂砖雕
在屋舍园地培植上，充分地利用了自然阵势的高差，突出地展现了建筑群自身的巍峨高大、气势恢宏和庄严肃穆。还凭借两江交汇、前后山相间的极佳风水布局和周围自然环境的清幽，孕育出了宜游、宜居的清新舒适之感。
在道场文化营造上，一共设置了灵官殿、天师殿、慈航殿、斗姥殿、月老殿、财神殿、文昌殿、药王殿、真武殿、圣母殿、娘娘殿、吕祖殿、邱祖殿、三官殿、三清殿、玉皇殿、东华殿、王母殿等十八个殿堂。还通过大量的碑刻、雕塑、图画、笔墨展示了丰富多彩的玄门知识，营造出了浓郁的玄门文化活动氛围。
孤山天师堂所在的汉中市具有悠久的历史和丰富的文化遗产，是国家历史文化名城，两千多年前描述汉中的“天汉”一词就驰名中外。
这里有以龙岗文化为代表的旧石器文化，以梁山为首的新石器文化，更有自夏至周的褒国文化和延绵不断的两汉三国文化文物遗存。
西汉三遗址中的古汉台是汉高祖刘邦封为汉王时的驻跸之地（汉王宫殿），拜将坛是刘邦筑坛拜韩信为大将军的地方，饮马池相传是刘邦所属军队养马饮马的遗址。
褒斜栈道是古代汉中连接关中和川蜀的紧张通道，史称“栈道千里，通于蜀汉。”其关键工程石门隧道开凿于东汉永平年间，被专家誉为“天下上最早用人工开凿的穿山隧道”。
汉魏石门十三品被誉为国之宝贝，其书法风格古朴遒劲、洒脱通脱，为历代书法家所仰慕、习摹和推崇。
下属留坝县有汉张留侯祠，俗称张良庙，是敬拜汉初三杰之首留侯张良的祠堂，也是著名的玄门洞天之一。城固县有西汉著名外交家、探险家、丝绸之路的开拓者张骞和东汉三朝太尉能言善辩不畏权势被称为“北斗喉舌”的诤臣李固的墓祠。勉县有玄门系师张鲁城遗址、张鲁女儿墓、三国古沙场定军山、古阳平关、刘备称汉中王设坛处、马超墓祠、诸葛亮读书台、诸葛亮制木牛流马处、武侯墓、天下第一武侯祠等。
还有出自汉中的“千金一笑”“倾国倾城”“明修栈道，暗渡陈仓”“成也萧何，败也萧何”“韩信点兵，多多益善”“一人得道，一人得道”等针言故事和传说，这些针言故事和传说都已经成为中华民族内在精神的主要组成部分。
在这样一个历史厚重、文化遗存丰富、玄门文化繁荣发展的地方，孤山天师堂一定会成为玄门的著名道场。
