民国初年，由当地百姓捐资，在净莲寺古墙断壁根本上进行一次大的修复，后因战乱，此庙又大部遭毁。
1931年，贺龙同道率领红三军第七、八师挺进鄂西北，在房县建立了苏维埃政权，房县古水区第九乡苏维埃政府设在此庙。
现在净莲寺仅存后殿半间，后殿山墙上，顺脊镶嵌着二龙戏珠砖雕，呈人字形排列。中间隔墙各有一圆形门框，用大块青砖砌拱，二龙戏珠砖雕和图案绕门框嵌砌。古朴典雅的图案，精细形象的雕塑，凝集着中国古代劳动人民的聪慧和心血。
1985年，农人在后殿右边挖土建房时，挖出一高60厘米、宽55厘米、厚30厘米的砖雕龙头，龙头呈灰玄色，其形象具有丰满、温驯、幽美、富丽的特色，刻画细致风雅，造形雄浑威武。经考古人员鉴定，认为此龙头是出自唐代工匠之手的建筑装饰部件。这尊龙头，为研究净莲寺早期建筑艺术供应了主要资料。
在净莲寺后殿门前地面，有一通断裂的碑石，是民国8年（1919）年补修净莲寺时所刻，碑文记载：“湾镇之阳有古寺，号净莲。其山耸而翠，其水湾而环，其径亦曲而幽。是寺也，建自李唐，越宋而元而明，其间不无颓败。幸历朝多善士即废即兴，尚能恢复原状。自前清以来，前殿回廊概行毁坏，几有废而不举之，众适遇商民程君文发者，寄居斯锁心伤，不将千百余年之古迹化为灰烬，缘竭善者君子捐修，昌黎云，莫为之前虽美彰，为之后虽盛传后之人，有如文发诸君子继其盛者，采当亦顶礼不遑，适教授贵镇嘱予作文以记之，因不揣肖昧，特略述大概，以垂不朽云尔。”
净莲寺历经千年，几经兴衰，如今虽面孔全非，沦为民房，但它是神农架目前创造的有记载而始建最早的寺庙。
