清康熙年间,为避清圣祖玄烨讳,改玄妙不雅观为元妙不雅观。乾隆、咸丰等年间屡有增葺,并逐步达到玄妙不雅观的壮盛期间,成为全国玄门“四大丛林”之一。玄妙不雅观壮盛期间的紧张建筑,沿中轴线前后依次是无梁殿、“惠浃中州”牌楼、山门、四神殿、三清殿、玉皇殿、祖师殿、斗姥阁;左边依次是灵官殿、太公殿、三官殿、韩祖殿;东偏院内依次是十方堂、武侯祠、藏经阁、吕祖殿、泥牛古迹、桑麻轩。右边依次是城隍殿、七真殿、五老殿、张祖殿;西偏院内依次是大斋堂、大厨房院、功德阁、道院。除此之外,还有园林建筑西北园,1923年增建另一处园林宛南公园。
到了民国后期,南阳玄妙不雅观开始破败。特殊是抗日战役期间,日军炸毁了无梁殿、“惠浃中州”牌楼、宛南公园、西北园,斗姥阁也毁于兵火。新中国成立后,南阳玄妙不雅观一贯是南阳县政府、县委果所在地,1994年,南阳县撤县设区,南阳玄妙不雅观成了宛城区委、区政府所在地。