日本人最初在若狭町（今昆明街）设立布教所，1925年，迁入在南山麓（今中山区麒麟巷与胜利东路交汇处附近，中山区麒麟西巷1号）。
日本人设计，为仿唐式建筑，又称为禅宗式，由当时的满铁社寺公务所和满洲土木建筑协会设计，砖木构造，建筑面积1282平方米。大庙建筑的出资者既有当时大连的日本企业，也有像张本政这样确当地富商。当年，日本人还另建了一座“西本愿寺”，便是本日的大连外国语学院位置。
站在南山向北看去，在一片欧式与和式风格的建筑群中，这座古色古喷鼻香的寺庙建筑显得十分独特。全体建筑为砖木构造，檐部设计斗拱，出檐深远，直至殿顶；内部构造高大，上层佛堂内有藻井，横栏上雕有飞天、孔雀、牡丹、宝相花等图案。佛堂内悬挂着章太炎所书匾额。寺内一些主要构件表面均以镀金处理，金碧辉煌。在大连市内，东本愿寺是最大的一座佛寺。
1929年，东本愿寺大连别院改称“东本愿寺满洲别院”。大连解放后，为日本神社做事的寺庙被大连文化古物保管委员会接管，后来这些日本寺院大多被拆除，而东本愿寺便成为了少数被留下来的寺院之一。
1945年后曾经是大连市图书馆书库。
1950年，大连杂技团要去抗美援朝沙场慰问演出，这在大连可是一件大事，但是当时杂技团却找不随处所排练，便借用了大庙一年旁边。
1970年代旁边，这座神圣的庙堂里曾经驻守着一支神秘的精锐部队，实行着属于国家级的分外任务。由于是刚刚组建又要实行分外任务，上级决定部队临时住进南山大庙。大庙在“文革”中没有受到任何冲击真是一大幸事。“这在全首都很少见的，大庙很幸运，当时斗争的各派达成了共识，大庙的藏书是宝贵的财富，千万是要保护的。”
1990年大连京剧团迁到这里。
2000年，该建筑曾被大连市政府定为市级文物保护单位。
2006年，又一次进行了翻修。
